Está situado al sur del Estado de Sonora, colindando al norte con el Municipio de Guaymas, al sur con el Mar de Cortés, al este con la reservación Yaqui, Municipio de Guaymas y al oeste con la laguna del Rancho y el Estero del Sahueso.

Empalme cuenta con 30 Km. de blancas playas de pendiente suave, desde Punta Calaveras, Playa del Sol, Cochorit, Paredones y los Dolores hasta el Morrito Inglés. Un espectáculo único se repite los primeros meses de cada año: ballenas procedentes de aguas frías buscan las cálidas aguas del Mar de Cortés para reproducirse. El litoral de Empalme ofrece al visitante esta extraordinaria experiencia.

También cuenta con un parque de cactus gigantes, de milenaria edad, con más de tres metros de altura, ubicado en la Colonia El Sahuaral al noreste de la población. Además de un museo localizado en el jardín del Sindicato Ferrocarrilero.

Enclavado en una posición geográfica privilegiada, con playas que son bañadas por el majestuoso Mar de Cortés, Empalme es un prospero municipio que arriba al tercer Milenio con energías y entusiasmo para estar a la altura de una ciudad en franco crecimiento.