Las principales actividades económicas son agricultura, ganadería, industria, pesca y comercio. Su población económicamente activa en el año 2000 es de 17,834 habitantes de los cuales 17,678 tienen ocupación y 156 se encuentran desocupadas. De las personas ocupadas 3,190 se dedican al sector primario, 6,594 al sector secundario, 7,535 al terciario, 359 no especifican actividad y 18,275 habitantes son económicamente inactivos.

Anteriormente la actividad económica del municipio se encontraba ligada al ferrocarril, mismo que hoy se encuentra en manos privadas. Actualmente las fuentes de empleo se han diversificado hacia la manufactura y los servicios.

Agricultura: La superficie agrícola está destinada principalmente a la producción de trigo, cártamo, melón y calabacita. La infraestructura hidráulica se integra con pozos y canales de riego.

Ganadería: Este municipio posee una población animal de 9,683 cabezas de ganado bovino, 840 cabezas de porcinos, 474 cabezas de equinos, 780 cabezas de caprinos, diversas aves y 876 cabezas de ganado ovino. Según cifras de COTECOCA –SARH, el coeficiente de agostadero recomendado para ese municipio es de 34 hectáreas por unidad animal, sin embargo el índice de agostadero actual es de 2.9 has. por U.A., lo que indica una elevada sobreexplotación de este recurso.

Industria: Cuenta con aproximadamente 65 establecimientos, entre pequeña y mediana industria, con características de empresa de tipo familiar. Existen dos parques industriales en Empalme en los cuales se ubican 26 empresas, que incluyen al grupo de maquilas Teta Kawi que se ha convertido en la principal fuente de empleo en el municipio, con 10,443 puestos de trabajo, hasta septiembre del 2000.

Pesca: El municipio cuenta con 2 tramos de litoral, el primero corresponde al estero el Rancho y el segundo ocupado por las playas del Cochorit y las playas del Sol. Las principales especies marinas que se capturan son camarón, cabrilla, tiburón, lisa, jaiba, callo de hacha y pulpo. Existen alrededor de 400 pangas y abundan los pescadores libres. Hay además una sociedad cooperativa con 117 socios activos.

Comercio y servicios: Para atender la demanda de la población, se cuenta con 4 hoteles, un restaurant, una discoteca y 3 centros de baile, taller de reparación automotriz, 3 gasolineras, asistencia profesional y esparcimiento. Se cuenta con 18 tiendas de CONASUPO y 2 mercados municipales, los cuales operan al 50% de su capacidad y se contempla su privatización. Existen en total 350 establecimientos comerciales, aproximadamente.

Vías y Medios de Comunicación: Este municipio dispone de una amplia red de comunicaciones, lo que permite arribar a él por carretera y por ferrocarril. La transportación terrestre puede efectuarse a través de la red caminera del municipio, su cabecera municipal se comunica a la capital del Estado a través de la carretera federal número 15.

El Ferrocarril del Pacifico mantuvo hasta 1995 en este municipio una estación ferroviaria con talleres de reparación y mantenimiento, con corridas hacia el centro de la república y a la frontera norte de Nogales y Mexicali, Baja California, con servicios de pasajeros y de carga de pequeño y gran tonelaje. Actualmente el ferrocarril se encuentra privatizado, el cual presta solamente el servicio de carga y los talleres de reparación y mantenimiento han dejado de operar.

Respecto a medios de comunicación, se dispone de los servicios de correo, telégrafo, telex y teléfono, este último con una cobertura del 95 %, además se cuenta con estación de microondas, radiodifusora, recibe señales de televisión y existe una estación de radiocomunicación.